Поред створених вредности, Културни предео Тршић-Троноша одликују и бројне природне вредности.

Насеља Тршић и Коренита на чијој површини се простире заштићено подручје Културни предео Тршић-Троноша представљају претежно ратарски крај. Подручје карактеришу искрчене некадашње шумске површине, претворене у воћњаке, оранице и ливаде. Посебно се издваја постојање великог броја аутохтоних сорти воћа: трешње (ђурђевке, бјелице и рушкиње), крушке (такише, караманке, лубеничарке, пшеничарке и дивљаке), јабуке (петроваче, колачарке и дивљаке), оскоруше, мушмуле и ораси. Аутохтоне сорте воћа представљају национално наслеђе.

На појединим местима очувани су шумски комплекси. Изворне шумске површине очуване су на Троношкој планини, на местима Парлог, Јаворик и Кремењак. Издвајају се три типа шума: сладуна и цера, затим китњака и грaба, као и букове шуме.

Шуме сладуна и цера простиру се у низијама и на брежуљкастом тлу до приближно 600 m надморске висине. Шуме китњака и граба налазе се у непосредној околини Спомен-куће Вука Стефановића Караџића. На највишим висинама у оквиру Културног предела, на већем делу Бобије и Троношке планине, налазе се састојине букве и мешовите састојине букве и граба. У оквиру заједнице букових шума на више локалитета присутна је зеленика, божиковина, врста која је изузетно ретка и угрожена у Србији. Непосредну околину манастира Троноше чине изворне састојине букве, уз које су подигнути засади багрема, али и четинара, као што су: црни бор, ариш, стробус, дугалзија и смрча.

Поред наведених аутохтоних сорта воћа и шума, у заштићеном подручју заступљене су биљне врсте које су заштићене према Правилнику о проглашењу строго заштићених и заштићених дивљих врста као што су: божиковина, питоми кестен, храст лужњак, жива трава – пастирска, језичаста кострика-веприна-непричац, веприна-кострика-шимширка, бели глог, сремуш, гавез, шипак, дрен, бршљан, купина, јагода, трњина, шумска јагода, мирисна љубичица-питома љубичица и дан и ноћ-пољска љубичица. За наведене врсте које су комерцијалне, њихово сакупљање је регулисано Уредбом о стављању под контролу коришћења и промета дивље флоре и фауне.

Непосредну околину Вукове спомен-куће настањује изданачки тип шуме китњака и граба. Поред реке Жеравије налазе се остаци шума црне јове и врбових шума. У заједницама ових шума најчешће расту: бела врба, крта врба, ракита, топола, калиновина, дуголисна нана, маљава коприва, коприва, ливадарка и љутић. Поред наведених врста, у долини реке Жеравије расту и појединачна стабла храста лужњака, јасена и већи број стабала јове.

Знатне површине су и под ливадским заједницама у чијем саставу расту: вијук, оштрика, хајдучка трава, кантарион, јежевица, боквица, кисељак, росуља, ливадарка и маслачак.

У дворишту Вукове спомен-куће налази се липа стара 89 година, а у близини се налази и бреза.

Брдовит предео, падине гребена Танка коса и Мала Бобија настањују очуване састојине, мешовитог састава китњака и граба. У саставу ових шума учествују следеће биљне врсте: храст сладун, цер, граб, храст китњак, глог, вијук, хајдучка трава, купина, дрен, буква, шумска јагода, зечија стопа, кострика, клен, кантарион, павит, трњина, лигуструм, бршљан, жешља, црни јасен, бели јасен, свиб, јоргован, кукурек, јагорчевина и висибаба.

Непосредну околину манастира Троноше настањују чисте састојине букве, уз које су подигнуте и културе багрема, црног бора, ариша, стробуса, дугалзије и смрче.

У највишем делу подручја, на Бобији и Троношкој планини заступљене су чисте састојине букве и мешовите шуме букве и граба.