Једна четвртина појединих врста фауне које су заступљене на подручју целе Србије настањују „Културни предео Тршић-Троноша“. Међу представницима водоземаца и гмизаваца најбројнији су представници из фамилије жаба и гуштера.

Већи део Културног предела Тршић-Троноша чине шуме, а у њима станиште има и знатан број представника фауне птица. У бројним врстама, у оквиру листопадних шумских заједница, издвајају се: мишар, шумска сова, средњи детлић, велики детлић, голуб гриваш, црвендаћ, обичан славуј, кос, дрозд певач, и друге. Фауна птица, поред шумских подручја, насељава и површине под ливадама, као и насеља. На подручју су заступљене и поједине строго заштићене врсте птица од међународног значаја као што су: средњи детлић, руси сврачак и виноградарска стрнадица.

Сматра се да подручје Предела изузетних одлика „Културни предео Тршић-Троноша“ стално или повремено настањује око 52 врсте сисара.

Веома бројна врста сисара која је заступљена на овом заштићеном подручју су слепи мишеви. Они настањују углавном пећине, веће и мање пукотине у стенама, окна напуштених рудника, шупља стабла и места испод коре стабала дрвећа. Претежно су заступљене шумске врсте: љиљак, ширококрили поноћњак, дугоухи вечерњак, мали бркати вечерњак. Поред шумских врста, заступљене су и литофилне врсте, које настањују стене: велики потковичар, мали потковичар, јужни потковичар, средњи ноћник и дугокрили љиљак. Све врсте слепих мишева припадају категорији строго заштићених дивљих врста.

Најбројнију врсту сисара како у Србији, тако и у заштићеном подручју „Културни предео Тршић-Троноша“ представљају глодари. Ово подручје настањује око 15 врста глодара, а у категорију заштићених дивљих врста спадају веверица и сиви пух.

Зечеви, припадници сисара, настањују углавном шуме, али и ливаде, пашњаке, обрадива поља, баште и воћњаке. Такође су и значајна ловна врста. Припадају категорији заштићених дивљих врста.

На подручју „Културног предела Тршић-Троноша“ заступљено је девет врста из реда звери. Претпоставља се да ово заштићено подручје настањују: вук, лисица, куна златица, јазавац и видра. Категорији строго заштићених дивљих врста припрада видра, док остале врсте припадају категорији заштићених дивљих врста.